李旦在京城忙活时，南洋却有风云突变之势。
对于吕宋的日渐壮大，他们实在是坐不住了，想坐山观虎斗，人家西班牙人根本不在乎，现在已呈皇帝不急太监急之势，这是不可能的了。
所以他们决定自己出手，从海盗手上抢过吕宋，然后和西班牙人谈判，记住，他们这是从海盗手中抢来的，不是从大明，也不是从西班牙人手中，以后某一天西班牙人想要，拿东西来换。
荷兰总督现在还是有信心的，他的舰队和火枪兵，都是精锐老兵，能征善战的部队，联合上马六甲的葡萄牙人，对付一群乌合之众，应该是信心十足的。
现在吕宋己获得大明承认，吕宋明年将会建国，李暮以王女身份，登基为吕宋女王。
大明定义为吕宋王族的复国运动，表示了承认。
不趁吕宋立足未稳将之击溃，一旦他们将乌合之众整合成精锐之师，那时要对付吕宋人，这可就难了。
为了对付吕宋，荷兰人停止了建造巴还维亚城，抽调了大量的船只军舰和火枪手，组成了远征军，司令官就是燕·彼德尔斯逊·昆总督，海军舰队指挥官是阿姆斯特朗少将，陆军则由特尼特少将指挥，不过打头阵的是海军，在海军没有取得胜利的情况下，陆军不会出动。
葡萄牙人如同荷兰人一样，人口稀少，所以他们也组成了一支远征军，有各种军舰船只二百多艘，一万五千多人，陆军则有一万人，五千葡萄牙火枪手，五千马来人、爪哇人雇佣兵。
为了确保万无一失，他们还从印度果阿调来了全部舰队，他们确信，一旦占领了吕宋，西班牙人会和他们谈判的。
葡萄牙人占领果阿己一百多年，葡萄牙在十五世纪拥有世界上最强大的海军力量。达·伽马于1498年经好望角航海发现印度后，葡萄牙人不断以传教、经商、探险形式进入印度，十五世纪初已在西海岸占领安杰迪瓦、坎那诺尔和科钦等地，设立副王总督。
1510年，葡总督阿方索·德·阿布奎克占领果阿。葡萄牙人提高了果阿在商业上的重要性，使它成为葡萄牙人在东方的大本营。同时阿布奎基鼓励葡萄牙人与本地印度人通婚，以获取永久居住权，并于次年从果阿发兵攻占马六甲，从而建立起以果阿为中心、从奥穆兹起到马六甲止的葡萄牙东方海上帝国，控制该地区的海洋贸易。
马六甲在十六世纪大航海时代兴起前，成为东亚不折不扣的海洋城市。每年吸引好几百艘船只顺着季风前来贸易，大明人、印度人、阿拉伯人、欧洲人挤满了港口。从大明来的樟脑、丝绸以及陶瓷，从印度来的织品，菲律宾蔗糖，摩鹿加群岛的檀香、丁香、豆蔻等香料，苏门答腊的金子以及胡椒，婆罗州的樟脑，帝汶的檀香，以及马来西亚西部所盛产的锡，统统汇集到马六甲，再转运到世界各地，马六甲俨然是当时商品的全球集散中心。
当马六甲一跃成为地方霸主之时，大明朝廷采取了严厉的海禁政策，不仅停止政府庞大船队出海的计划，而且严厉制裁私自到东南亚等地的大明贸易商人。当明帝国自动放弃海洋，放弃马六甲海峡的控制权之时，马六甲王国逐渐摆脱明帝国影响之时，西方殖民势力已经来到家门口，传统的***王国已埋下灭亡的种子，大明真正退出马六甲海峡的时代即将来临。
在历史上的欧洲，香料曾经多么珍贵，多么让人魂牵梦萦，甚至无数人为其失去生命。这使得西班牙人，葡萄牙人，英国人，荷兰人，法国人非常希望能够找到一条新的航线到达香料群岛。
十五世纪起，葡萄牙走在了向东方前进的前列，马六甲是他们前进东亚最繁荣国家——大明——最近的桥头堡。
十六世纪初终，盛极一时的马六甲海峡，很快引起了西方新兴海权国家的觊觎，葡萄牙、西班牙、荷兰、英国相继来到马六甲。
此时，葡人的脚步已来到印度洋，并准备染指马六甲。第一任葡属印度总督阿尔梅达虽然在印度洋开创了局面，但他的政策仅将葡萄牙人的活动局限于印度洋沿岸。第二任葡属印度总督阿尔布克尔克改变了阿尔梅达的保守政策，他设计了把***从香料运输中完全排挤出去、控制三千五百英里印度洋的宏伟计划。
1509年，葡萄牙人曾经到达过马六甲，受到了当地人的猛烈袭击，他们撤退了。但这场战争，让葡萄牙人认识到要占领马六甲，控制马六甲海峡入海口，必须从军事上先占领马六甲河上的大桥。这是马六甲城的咽喉之地。
两年后的7月1日，阿尔布克尔克率领一支由18艘舰船、1200名葡萄牙士兵及200多名马尔巴拉援兵组成的舰队到达马六甲，提出了释放战俘、赔偿以及割让一块土地来修建要塞的要求。
当时的马六甲是一个十万人的城市，由三万马来人和爪哇人守卫着，双方兵力悬殊，因此当地苏丹拒绝了葡萄牙人的要求。三日后，葡萄牙人发动了第一次攻击，由于没掌握潮水的关系，葡舰船无法进入河道，只好等待潮水的涨起。而马六甲苏丹组织了强大的抵抗，迫使阿尔布克尔克下令撤退。
八月10日阿尔布克尔克又组织了进行了第二次攻击，成功占领了大桥，接下来他们又占领面向马六甲河、依山建立的马六甲王国与清真寺。苏丹及其王子派出20头大象企图阻上葡人的攻势。
黑夜降临后，葡人终于占领了大桥两侧的制高点。
8月24日，沿着街道，葡兵并排清除来自各方的零星抵抗。马六甲苏丹见大势远去，黯然丢下富甲一方的马六甲城，马六甲围城战以葡萄牙人的胜利告终。苏丹玛（马哈茂德沙阿）率领残余退到巴莪从事复国的运动，但在1526年的宾坦岛之战中，其重要据点宾坦岛也被葡萄牙攻陷，他的后裔偏安柔佛，建立了柔佛王国，继续马六甲的王统。
攻陷马六甲城时，阿尔布克尔克下达了抢掠的命令。抢掠行动持续了一整天，珍宝数以万计，几乎是马六甲王国三分之二的财富，攻占了马六甲的葡人，照例进行了屠城。
马六甲城沦陷了，立国110多年的东南亚王国灭亡了。马六甲城的陷落，对大明人来说有着更大历史意义——扼守南华夏海的门户彻底暴露，大明控制马六甲海峡的海洋时代结束了，三百年之后，华夏遭遇了与马六甲同样的命运。
在马六甲，葡葡牙人看到了前进东方的希望。
葡萄牙人获得相对真实的华夏的印象是从马六甲开始，迈向华夏的脚步也从马六甲开始。
达伽马的船队抵达今印度半岛西南部喀拉拉邦的科泽科德一带的古里后，便大规模系统地搜集有关亚洲的地理和人文资料，主要目标是远东的华夏。葡萄牙占据果阿后，更加关注华夏。
1508年葡萄牙国王唐·曼努埃尔一世要求舰队司令塞格拉：“你必须探明有关秦人的情况，他们来自何方、路途有多远？他们何时到满剌加或他们进行贸易的其他地方？带来些什么货物？……他们是基督徒还是异教徒？他们的国家大吗？国内是否不止一个国王？是他们的国土扩展到什么地方？与哪些国家为邻？”
1512年，征服马六甲的葡葡牙人开始把魔爪伸向了大明，并在四十年后获得了澳门。
葡萄牙西方殖民者，他们看中明帝国的财富，而且幻想大明如同马六甲一样可以轻易落入葡人之手，尽管等到他们来到华沿海的几百年中，发现明帝国并不是葡萄牙可以一口吞下的，大明是禁海，但禁海之下诞生的几个大海盗也不是他们可轻易拿下的，林凤、李旦就让他们吃尽了苦头，李旦与他们多次交战，独占日本的贸易，不交钱买金龙令旗，葡萄牙人的战船一样被击沉。
但占领马六甲确实开启了葡萄牙海上帝国最灿烂的历史。
马六甲王朝的灭亡，除了遭遇强大的外敌之外，还有一个重要原因就是内部的衰落与纷争。而当时名义的宗主国明王朝，皇帝与大臣同样无能、短视，他们对马六甲的陷落表现出无动于衷。
明朝廷得知马六甲被侵占一事是在1520年，距马六甲落入葡人之手已过了9年。而在这9年中，葡人的脚步早已穿过南华夏海，进入华夏广东沿岸。
如果不是葡人的放肆，以及马六甲王子宾塘王公的使者穆罕默德来到北京，向礼部送来马六甲的求援信，马六甲落入葡萄人之手一事，明廷就会一直被蒙在鼓里。而武宗早已失去了解决此事的能力，这位荒诞的君主，在卧病三月后晏驾。
但在当时一批大臣的建议下，终于对马六甲的沦陷做出回应：不许佛郎机（葡萄牙）入贡，同时葡萄牙出使大明的皮雷斯一行于同年春夏被押往广州，并作为归还马六甲疆土之人质投入监牢。
面对马六甲朝廷的屡次求援，明朝廷声明要求葡萄牙归还马六甲，否则扣押使团直到归还马六甲为止。这种以扣押使节的方式来应对武装占领的葡萄牙人，无疑是一种无能的表现。
不过毕竟明王朝在东南亚一带并没有军事存在，它与东南亚国家的朝贡关系只是彼此的一纸政治承诺书，苍白无力。当郑和这样的王师绝迹于东南亚之后，明王朝毫无力度的外交辞语与交涉，挽救不了马六甲灭亡的命运。
但现在大明往南洋投放兵力，设置军事存在，让他们相当的不安。