1658年，清朝尽起三路大军，从湖南、四川、广西三路进攻贵州，贵州沦陷，年底，吴三桂攻入云南。
1659年，清军攻克昆明，云南沦陷，朱由榔逃入缅甸……某种意义上，朱由榔是自己挖坑埋了自己。
同年，李定国带着残军跟吴三桂在磨盘山展开血战，晋王是真牛，残军一支，还被叛徒出卖的情况下，居然也能把吴三桂打了个半残，当然，自己也更残了。
同年六月，郑成功称招讨大元帅，率十余万水路大军，开始北伐，在崇明岛登陆，接连取得定海关大胜、瓜州大胜、镇江大胜的胜利，兵临南京城下。
同一时间，张煌言攻克芜湖，随后连克沿江四府三州二十四县，江淮半壁为之震动。
就在这关键时刻，郑成功脑子突然发昏，放着陆路不走偏要走水路，浪啊浪啊浪，然后被清军一个突袭，损兵折将，跑了。
张煌言那个恨啊，牙都快咬碎了，你郑成功是袁绍转世吗？逆风大胜顺风败，你撤了我咋办?
跑呗，能咋办?留得青山在，不怕没柴烧，撤！大好局势又毁了！
1660年，李定国、白文选带着军队前往缅甸准备迎回朱由榔，但缅甸不放人啊，咋办呢？打呗！
带着一帮子残军，硬是又把缅军揍了一顿，缅王无奈了，我去，这么能打？那清军又是个什么存在?
放人是不可能放的，毕竟人质握在手里，才能赚取更多利益，于是缅王逼着朱由榔写了诏书，令李定国退兵。
朱由榔这个皇帝在缅王手里，李定国只能捏着鼻子忍了，退了兵。
同年五月，郑成功在厦门大败清军，歼灭清朝水师四万。
1661年，郑成功带着两万五千兵马，以及数百艘战船，准备收复台湾。
同年，缅王莽白以饮咒水盟誓为名，杀了跟随朱由榔逃入缅甸的四十二名大臣、太监，史称咒水之难！
在云南赫赫有名的沐王府，最后一任黔国公沐天波就是死于咒水之难！
至于明亡的时候，沐天波为什么没有带着云南士兵参与抗清?……丢了，云南让他给丢了。
准确来说，除了沐英以及少数几任沐家人能镇得住云南的土司外，其余人，都不过是靠着明朝这杆大旗混饭吃。
沐家对于明朝的忠心不值得怀疑，但是能力嘛……还是那句话，除了沐英以及少数几任沐家人，其他的，不行。
咒水之难爆发三个月后，清朝使者进入缅甸，要求缅王交出朱由榔，回想起李定国那支残军的厉害后，缅王莽白果断认怂，把朱由榔交给了清军。
毕竟，连被清军打成那样的李定国都能暴揍缅军，清军的强大……不敢想啊！
1662年，这一年，按南明纪年为永历十六年，按清朝纪年为康熙元年，这一年正月，郑成功收复台湾，荷兰军队投降。
这一年四月，朱由榔和他儿子朱慈煊被吴三桂绞杀在昆明，南明宣告结束。
五月初一，郑成功的老爹郑芝龙在北京被杀，又听说儿子郑经跟乳母私通、朱由榔被吴三桂所杀，于是郑成功心态崩了，病死台湾。
也有考证认为，郑成功并不是病死的，而是被暗杀的。
六月，李定国在真腊听说朱由榔被杀后，忧愤成疾，临终留下：宁死荒野，勿降清邦的遗言后病逝。
朱由榔、李定国、郑成功死后，张煌言解散了义军，准备归隐山林，郑经接受了台湾，继续沿用永历年号，名义上仍然奉明朝为正朔。
康熙三年，郑经邀请明朝宗室，宁靖王朱术桂到台湾监军。
同年，夔东十三家抗清失败，李来亨举家自焚而死，张煌言在杭州被清军斩首。
同年，清朝、荷兰联军攻陷金门、厦门两岛，郑经的势力收缩回台湾。
1673年，清朝康熙十二年，三藩之乱爆发，郑经受耿精忠邀请，率军征讨福建，任郑克臧为监国。
郑经收复厦门后，又连续攻克漳州、泉州、潮州三府，以及广东惠州。
随着广东尚可喜、福建耿精忠相继被清军平定，云南吴世璠也兵败身死后，郑经势力败退厦门。
1680年，清朝康熙十九年，清朝将领万正色派人游说郑军水师副总督朱天贵，于是朱天贵率战船300艘，将士两万余人降清。
见此，郑经果断放弃厦门，班师回到台湾，随后沉迷酒色，不问军政。
1681年，郑经病逝，遗命郑克臧继位，但郑克臧被冯锡范毒杀，于是冯锡范的女婿郑克塽接过了大权。
康熙帝趁着郑家内讧的时机，令施琅为水师提督着手征讨台湾。
1683年，施琅大败刘国轩，攻克澎湖，给台湾造成了很大的军事压力。
同年，延平王郑克塽降清，宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，全国最后一支抗清势力覆灭。
最后，补充一下秦良玉，这位史书单独列入将相传的传奇女将，病逝于1648年，即南明永历二年，终年七十四岁！
他的侯爵封号也不是什么死后追封，而是南明隆武帝朱聿键在隆武二年，也就是1646年专门派人到石柱封赐的。
也有人说秦良玉的封号应该是忠州侯而不是忠贞侯。
借用蔡东藩的话：独如良玉者实难多得，特笔加褒，为女界吐气，即为男子示愧，有心人下笔，固自不苟也！