左良玉大破张献忠
六月时，左良玉派遣降将刘国能，将张献忠围困在太平县境内的玛瑙山中。由于粮食耗尽，张献忠被迫派出士兵四处抢夺粮草，凡是没能找到粮食归来的士兵，都被他下令全部处死。那些尚未归队的士兵，选择了向杨嗣昌投降。左良玉指示刘国能带领这些投降的士兵先行一步，假称粮草已经送达，骗得张献忠打开营门。张献忠在迎接所谓粮草队伍时，刘国能率军发起突袭，大破张献忠的军队，斩首万余，捣毁其营地，并抓获了张献忠的妻妾以及亲信徐以显、潘独鳌等人，将他们送往襄阳监狱。张献忠则凭借藤蔓翻山越岭侥幸逃脱。
左良玉先前曾射中张献忠眉心，这次又成功擒获其妻妾等家属，可以说是两次大快人心之举。然而，令人费解的是，徐以显、潘独鳌作为张献忠的心腹，既然已经抓获，就应该立即处决，以彻底断绝祸根，但左良玉却选择将他们送入监狱，拖延处置，这就给了贼寇策划阴谋的时间，让人不能理解。究竟是出于对张献忠的畏惧，还是有意招降他呢？如果是害怕张献忠，那么徐、潘作为他的核心智囊，一旦处决，无疑会让张献忠失去重要支撑；若说是想招降张献忠，那么只需暂时留下他的妻儿作为人质即可，更何况张献忠在过往攻破郡县、残害无辜时，连亲王都不放过，凡是有正义感的人都恨不得将他碎尸万段，然而当时的当权者竟然还怜惜他的妻儿，袒护他的党羽，这究竟为何呢？
关于围攻张献忠的记载，这里简要概述了二月份的事情。
杨嗣昌夺印归印
五月，江北的贼军攻陷了隶属于黄州府的罗田县。到了六月，副将军贺人龙与其他陕西、四川等地的军队联合出击，对贼军展开猛烈打击并大获全胜。七月，贼军中的小秦王等首领相继向杨嗣昌投降，而张献忠和罗汝才则计划渡过川西逃走。各地官军集结在一起，在夔州的土地岭扎营，等待贺人龙的兵马，但三次发信催促均不见其到达。
起初，杨嗣昌因左良玉行事时常不服从指挥调度，而贺人龙率领的陕西士兵勇猛善战，且手中握有大量投降过来的士兵，多次打败贼军，立下赫赫战功，杨嗣昌希望能赋予贺人龙更高级别的总兵名号，以便更好地管辖这些兵马。这是四川巡抚邵捷春向杨嗣昌提出的建议。于是杨嗣昌秘密上疏朝廷，请求用贺人龙取代左良玉，授予其平贼将军的将印。但随后得知了玛瑙山战役的胜利消息后，杨嗣昌又奏请保留左良玉的将印，仅给贺人龙增加新的职务称号，并等待朝廷后续的任命。贺人龙对此感到很不满意，而左良玉得知后，心中也产生了怨恨。当时张献忠躲藏在山中，剩下一千多名残余贼军，左良玉因为曾被剥夺将印而感到十分丢脸，贺人龙又因归还将印而心怀不满，导致两人都负气犹豫，不愿深入追击贼军。这一切都源于杨嗣昌对两员大将心态把握不当，间接纵容了贼军。癸亥日，贺人龙的军队哗变，就返回了陕西。己巳日，官军在战斗中遭遇惨败。
九月，罗汝才、过天星等九股贼军进入四川。那时，杨嗣昌已经成功招降了其中八股，并迅速向朝廷汇报了这一情况，朝廷根据战功大小分别奖赏了参与平叛的文武官员。十月，张献忠、罗汝才攻克了大昌。二十五日壬戌，贼军又攻陷了剑州。四川军队在追击中战败，四位将领被俘。剑州归属于四川保宁府管辖。
吴卿论兵弊
黄梅县的贡士吴卿向朝廷进言说，“流窜的贼寇奸猾狡黠，善于侦查和机动转移，他们能够日行二百里，而且嗜酒好色，沉溺其中，以至于有时昏睡不醒。如果军队能够采取勇敢且悄无声息的夜袭战术，贼寇恐怕难以察觉。然而现今的情况是，官军不但未能有效剿灭贼寇，反而将矛头指向无辜的百姓，偏远地区的男女老少，为了躲避战乱，纷纷躲入森林逃难，而官兵为了邀功，竟残忍地杀害这些平民，割下人头作为战功上报给主将，主将为了粉饰战绩，又将这种情况告知监军，而监军对此毫不知情，竟将此类虚假的战功如实上报。这样的弊端已经沿袭很久，应当深恶痛绝并严惩。”