在彻底平定江南之后，大明朝的版图之上，旧有的秩序已被肃清，崇祯皇帝朱由检开始着手进行一场自国朝建立以来，最为深刻、也最为彻底的军事改革。这场改革，旨在完全摒弃早已腐朽不堪的卫所制度，建立一套全新的、足以支撑帝国未来百年征伐的强大武装力量。
这套全新的体系，如同一座高耸入云的金字塔，其塔尖，亦是整个结构的基石，便是那些完全效忠于皇帝本人、由他亲自缔造和掌控的中央嫡系武装。
在这支力量的最顶端，是嫡系中的嫡系——【神武军】。
神武军是皇帝的宿卫亲军，总编制员现额为四万人（系统给的，未来根据系统会扩编没有上限）。其兵员的选拔、训练、乃至装备的制式，都与大明任何一支传统军队截然不同，其战力之强，远超当世人的想象。神武军下辖三营：
龙骧营：神武军的骑兵部队，由一代骑将曹变蛟担任统帅。这支骑兵，装备着最精良的甲胄与战马，是皇帝手中最锋利的突击长矛。
射声营：神武军的射手部队，其主将之位，皇帝计划在未来，授予战功卓着的左良玉（左良玉善射，可以持双弓左右开工射击，百发百中）。这支部队，装备着特制的强弓硬弩，是帝国进行远程压制与精准打击的核心。
虎贲营：神武军的步兵部队，其主将之位，则为劳苦功高的孙传庭所预留。待其功勋与资历足够，便可执掌这支战无不胜的重装步兵军团。
在神武军之外，皇帝还组建了三支规模更为庞大的嫡系野战军团，他们是帝国发动大规模战役的主力。
【天雄军】：由卢象升统帅，编制五万战兵。天雄军以纪律严明、作战顽强着称。为了进一步强化其战力，皇帝特别为其增配了一支千人规模的精锐“标营”，这支亲卫部队的装备与战法，与神武军同源，是天雄军战阵中的核心与刀尖。
【忠贞营】：由李自成统帅，员额五万人。这是皇帝“不拘一格用人才”的最大胆的尝试，用以收编和改造那些在乱世中被证明了战斗力的精锐流寇。同样，皇帝也为其配备了一支千人的精锐骑兵“标营”，既是尖刀，也是监军。
【淮右军】：由皇帝的心腹大将梅铮统领，编制五万人。作为皇帝老家的军队，这支军队忠诚度最高，在未来，也将获得一支千人规模的精锐“标营”作为赏赐。
最后，在这支核心武装的规划中，还有一个最为特殊的编制——【羽林卫】。
这支部队的兵员，全部是皇帝在历次战乱中，收养的战争孤儿。他们自幼便被集中抚养，接受最严格的训练和思想教育。羽林卫尚在培育阶段，预计至少还需要五年时间，方能成军。他们的使命，并非守卫大明，而是为帝国未来的全球征服计划，储备的一支最具潜力的远征力量。
在规划完这些直属于皇权的“利剑”之后，皇帝的目光，投向了更广阔的领域。他需要一种力量，来将帝国上层阶级的野心，从内部引向外部。
于是，【儒林卫】便应运而生。
儒林卫不属于国家常备军序列，其数量不做任何限制。它是一种“国家授权的私人武装开拓集团”。天下所有具备财力、且怀有野心的士绅、将领子弟，都可以向朝廷申请，组建自己的儒林卫，自筹粮饷，自募兵员。他们的任务，便是响应皇帝的“出海敕令”，前往海外开拓未知之地。对于其中最成功者，皇帝将册封其为海外的“实封诸侯”，以世袭罔替的王国作为最终奖励。
处理完中央与开拓军团，接下来便是对旧有军事体系的彻底改造。
旧有的“卫所”被废除，改立新的地方守备机构——【武安司】。原卫所军户中，老弱病残被剥离军籍，分发田地，变为自耕农；精壮者则被保留下来，组成“武安司军”。他们的职责，被限定于维持地方治安、剿匪、守城，一般情况下不用参与任何大规模野战。
而漫长的九边防线，原有的“边军”，则被统一改编为【九边镇戍军】。他们的任务，不再是主动出击，而是依托长城和堡垒，进行纯粹的战略防御，成为帝国疆域最稳固的盾牌。
最后，为了保证这套庞大军事体系的人才供给，皇帝为功勋将领的子弟们，规划了两条清晰的职业道路：
愿意为国效力者，可凭借父辈功勋，考入新设立的【皇家讲武堂】，接受正规军事教育，毕业后派往各大嫡系军团，从基层军官做起，凭战功晋升，此为【入仕之途】。
而更具冒险精神、家底丰厚者，则可说服家族，组建一支自己的【儒林卫】，去海外，为自己和家族，搏一个裂土封侯的未来，此为【封侯之路】。
通过这套全新的军事体系，朱由检将整个大明的武装力量，都纳入了自己设计的轨道之中。一支层次分明、目的明确、赏罚清晰的强大战争机器，已然成型，正等待着他的一声令下，向整个世界，发起征服。